Bioinformatika

Alkalmazási területek / Bioinformatika

Áttekintő

A modern biológiai kísérletek és az elérhető nagy áteresztőképességű eszközök, mint például az újgenerációs szekvenálási technológiák, szükségessé tették az újabb, gyorsabb és hatékonyabb adatelemzési módszerek alkalmazását. Ezért egy mai biológiai/orvosi projekt elengedhetetlen részét képezi a bioinformatika. Segítségével akár több száz minta együttes elemzése is lehetségessé válik. Célunk a kutató/orvos/genetikus támogatása, a kísérleti eredmények biológiai interpretációjának segítése, akár vizualizációs eszközök alkalmazásával is.

Portfóliónk részét képezi igen sokféle standardizált adatelemzési munkafolyamat, melyet nemzetközi protokollok alapján állítottunk össze. Ez magában foglalja teljes genomok (WGS), teljes exom (WES) vagy akár gén panelek kiértékelését is. Természetesen az egyes lépéseket a megrendelő igényeire tudjuk szabni, például különböző annotációs adatbázisok használatával (akár egyedi formátumban is).

Elérhető adatelemzési csomagok:

 

  • Variáns (SNP) és rövid inszerció/deléció (INDEL) perdikció WGS, WES és gén panel adatokból
  • kópiaszám változás predikció WGS éd WES adatokból
  • Génexpressziós profil készítése
  • 16/18S és ITS taxonómiai profil készítése
  • Shotgun metagenomika

Kiemelt bioinformatikai elemzési lépések

  • Nyers szekvenálási adat minőségi ellenőrzése
  • Nyers szekvenálási adat szűrése
  • Térképezés a referencia genomra
  • Térképezés minőségi ellenőrzése
  • Bázis minőségi érték újrakalibrálás
  • Variánsok azonosítása
  • Variánsok szűrése
  • Funkcionális annotáció
  • Adatbázis annotáció
  • Riport összeállítása

Munkafolyamat

Kapcsolatfelvétel
Kapcsolatfelvétel

order@ibioscience.hu
+36 70 674 6611

Projekt szervezése
Projekt szervezése
project egyeztetés, árajánlat, szerződés, szervezés
Mintabeküldés
Mintabeküldés

nyers adat, meta adatok

Mintafeldolgozás
Mintafeldolgozás

nyers adat QC, szűrés

Bioinformatikai elemzés
Bioinformatikai elemzés

térképezés, downstream elemzés

Eredményközlés
Eredményközlés

nyers adatok átadása, QC riportok, összefoglaló riport

Területek

 

  • Transzkriptom szekvenálás adatelemzése
  • Teljes genom/exom vagy gén panel elemzés
  • de novo plazmid/genom összeszerelés és annotáció
  • Metagenom elemzése

Ajánlatkérés