Metagenomika

Alkalmazási területek / Metagenomika

METAGENOM SZEKVENÁLÁS ÉS APPLIKÁCIÓK

 

A környezeti metagenomika a különféle környezeti mintákban található mikroorganizmusok genetikai elemzését foglalja magában. Ezek a tanulmányok betekintést nyújtanak a víz- vagy talajminták mikrobiológiai profiljába, lehetővé teszik a mikrobiális csoportok filogenetikai elemzését, valamint az egyes fajok azonosítását.
A 16S rRNS minden baktériumban és archeában megtalálható, így ideális célpont ezen szervezetek szekvencia alapú azonosítására, különösen a vegyes mintákban a konzervált és variábilis régiók jelenléte miatt. A 16S rRNS szekvenálás költséghatékony megközelítés a környezeti metagenomikában.
A teljes (shotgun) metagenom szekvenálás torzítás nélkül szolgáltat információt az összes organizmus teljes genomjáról. Az élőlények taxonómiai besorolása és a relatív mennyiségéről szóló információk mellett, izoláció és tenyésztés nélkül, ez a technika felbecsülhetetlen értékű a génpredikció, a funkcionális profilozás és a mikrobiális fajok kölcsönhatásának tanulmányozásában.

Minta követelmények

 

16S amplikon szekvenálás (V3-V4 régiók):

  • ajánlott: genomi DNS, ≥200 ng, 20 µl, nem töredezett
  • minimum: 100 ng, 15 µl

16S amplikon szekvenálás (teljes hossz):

  • ajánlott: genomi DNS, ≥200 ng, 20 µl, nem töredezett
  • minimum: 100 ng, 15 µl

Shotgun szekvenálás

  • ajánlott: genomi DNS, ≥600 ng, 20 µl, nem töredezett
  • minimum: 150 ng, 15 µl

Munkafolyamat

Kapcsolatfelvétel
Kapcsolatfelvétel

order@ibioscience.hu
+36 70 674 6611

Projekt szervezése
Projekt szervezése
project egyeztetés, árajánlat, szerződés, szervezés
Mintabeküldés
Mintabeküldés

izolátum, talajminta

Mintafeldolgozás
Mintafeldolgozás
mintaelőkészítés, izolálás, könyvtárkészítés, szekvenálás
Bioinformatikai elemzés
Bioinformatikai elemzés
nyers adat QC, szűrés, térképezés, downstream elemzés
Eredményközlés
Eredményközlés
nyers adatok átadása, QC riportok, összefoglaló riport

Szekvenálási stratégia

 

16S amplikon szekvenálás (V3-V4 régiók):

  • 350-400 bp inszert könyvtár
  • paired-end 250 bp szekvenálás
  • ≥50.000 szekvencia

16S amplikon szekvenálás (teljes hossz):

  • 1500 bp inszert könyvtár
  • ≥50.000 szekvencia

Shotgun szekvenálás:

  • 250-300 bp inszert könyvtár
  • paired-end 150 bp szekvenálás
  • ≥6 Gbp adat

Ajánlatkérés