Usluge

Sanger sekvencioniranje

Tradicionalna tehnika sekvencioniranja genoma naziva se Sanger sekvencioniranje. Ovom metodom se tačno mogu identifikovati kratki segmenti DNK.

Na raspolaganju imamo tri vrste usluga za sekvencioniranje, po ceni od 1000 Ft po uzorku:

Opcija 1: Pojedinačno sekvencioniranje pročišćenog PCR preparata ili plazmida:
- Uzorak već treba da sadrži PCR primere
- 10 ul DNK i 4 ul primera (5 pmol/ul)
- Potrebna koncentracija: videti dole

Opcija 2: Sekvencioniranje pročišćenog PCR preparata ili plazmida sa mogućnošću ponavljanja:
- Osiguravanje primera u zasebnim epruvetama ili sintetizovanje primera
- Podešavanje parametara sekvencioniranja na osnovu vrednosti koncentracije
- Ponavljanje sekvencioniranja u slučaju neispravnog očitavanja ili greške
- 15 ul DNK, +4 ul po ponavljanju
- Čuvanje svakog uzorka i primera do tri meseca
- Potrebna koncentracija: videti dole

Opcija 3: Sekvencioniranje sa premium opcijom:
- Pročišćavanje PCR preparata ili plazmida nije obavezno
- Kontrola kvaliteta svih uzoraka na agaroznom gelu
- Podešavanje parametara sekvencioniranja na osnovu kvalitativnih vrednosti
- Osiguravanje primera u zasebnim epruvetama ili sintetizovanje primera
- Ponavljanje sekvencioniranja u slučaju neispravnog očitavanja ili greške
- Čuvanje svakog uzorka i primera do tri meseca
- Potrebna koncentracija: videti dole

Zahtevi i propisi za koncentraciju uzorka:
- Za plazmid: 100 ng/ul
- PCR preparat (150-500 bp): 10 ng/ul
- PCR preparat (500-1000 bp): 20 ng/ul
- PCR preparat (> 1000 bp): 40 ng/ul

Cene:
1. Za tacnu – plate sa 96 uzoraka:
- Pročišćeni PCR preparat ili plazmid – pojedinačno sekvencioniranje (Opcija 1): 96 000 Ft / plate (1000 Ft / uzorak)
- Pročišćeni PCR preparat ili plazmid – sa mogućnošću ponavljanja (Opcija 2): 120 000 Ft / plate (1250 Ft / uzorak)
- Sekvencioniranje sa premium opcijom (Opcija 3): 144 000Ft / plate (1500 Ft / uzorak), cena sadrži troškove pročišćavanja PCR preparata/plazmida
(u slučaju sinteze primera dodatni trošak: 2 300 Ft / primer)

2. U slučaju zasebnih epruveta:
- Pročišćeni PCR preparat ili plazmid – pojedinačno sekvencioniranje (Opcija 1): 1500 Ft / uzorak
- Pročišćeni PCR preparat ili plazmid – sa mogućnošću ponavljanja (Opcija 2): 1650 Ft / uzorak
- Sekvencioniranje sa premium opcijom (Opcija 3): 2600 Ft / uzorak
(dodatni troškovi: pročišćavanje PCR preparata/plazmida: 1200 Ft / uzorak, sinteza primera: 2600 Ft / primer)

Opis postupka sekvencioniranja:
Dostavljeni uzorci nukleinske kiseline za sekvencioniranje, a koji mogu biti PCR preparati ili plazmidni vektori, shodno potrebama naručioca, se prečišćavaju i vrši se kontrola kvaliteta, u skladu sa traženom uslugom.
Zatim se vrši Sanger sekvencioniranje u automatizovanom i standardizovanom okruženju, u skladu sa odabranim uslovima (opcione karakteristike kvaliteta, sekvencioniranje primera, itd.).
Za ovu svrhu, za potrebe naručioca obezbeđujemo više vrsta univerzalnih primera, odnosno, u okviru Premium Run opcije je moguće sintetizirati bilo koji primer, u skladu sa zahtevima klijenta.
Nakon još jednog prečišćavanja, označeni preparati se razdvajaju kapilarnom gel-elektroforezom, na osnovu njihove veličine, na ABI 3730XL platformi.
Šalju se očitani rezultati hromatograma sekvencioniranja elektronskom poštom (podaci se šalju u .abi formatu).
O svakom uzorku odgovarajućeg kvaliteta, ukoliko je dužina odgovarajuća, dostavljamo podatke za oko 1100 osnovnih parova nukleinske kiseline, PHRED20 kvaliteta.
Rezultati se dostavljaju u roku od nekoliko radnih dana, u zavisnosti od vrste usluge koja je tražena.